Extraer varias lineas de texto

[Raul Veleiro A (en Yahoo)]

--- Andrés Flórez <andrewflorez en gmail.com> escribió:

> Hola a todos:
> 
> Tengo una dificultad para manipular archivos de
> texto:
> 
> Un archivo tiene varias lineas de la siguiente
> forma:
> 
> linea indicadora:
> 
> >Nombre de la secuencia
> 
> siguiente linea:
> 
> cadena de caracteres.
> 
> AKGKA ......
> 
> Ejemplo:
> 
> >LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81,
> putative
>
MHTAVLRQLSTPSTRPSGTANGGFGSSGVRDGSAPAPPSRGDGAATAPQQRSSHGVSSEL
> >LmjF26.0390|RNA editing 3' terminal uridylyl
> transferase 2,RET2, RNA
> editing complex MP57
>
MHAPTPLYLYVAVTRGLCSSAVAASSSADAASSPSAASSSTSEGVSYASHLVASNDHYVQ
> 
> 
> Necesito redireccionar a un archivo de texto  por
> ejemplo la linea que dice
> >LmjF02.0410|RNA     HASTA   EL FINAL DE LA CADENA
> DE CARACTERES, MEJOR
> DICHO HASTA ANTES DONDE EMPIEZA LA SIGUIENTE LINEA 
> CON EL SIGNO >
> 
> En otras palabras necesito extraer un intervalo
> desde una linea > con un
> nombre hasta la proxima linea > con otro nombre
> 
> 
> Les agradezco mucho cualquier ayuda.
> 
> 
> 
> -- 
> Andrés F. Flórez
> 
> Associate Researcher
> PECET.
> Universidad de Antioquia.
> Medellín-Colombia.
> Carrera 53 # 61 - 30
> Phones: (574) 210 6507 / 02
> Fax: (574) 210 6511
> Cell phone: 3103462268
> > -- 
> ubuntu-es mailing list
> ubuntu-es en lists.ubuntu.com
> https://lists.ubuntu.com/mailman/listinfo/ubuntu-es

Aquí esta Andrés, no hace falta el bucle for que te
mencione antes:


cat p.txt | tr '\n' ' ' | awk 'BEGIN { RS = ">" ; FS =
">" } ; { print $1, $2 }'

TRUCO: jugar con los RS (Record Separator) y FS (Field
Separator) del AWK.

El AWK es un lenguaje de progrmacion muy potente
diseñado exclusimante para procesar ficheros de texto.

Aqui esta el manual:
http://www.gnu.org/software/gawk/manual/gawk.html


Raul

Solo hay 10 tipos de personas en el mundo;
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