Нашел опцию в настройках GIMP: Правка / Параметры - Поведение окон нужно поставить тип окна для других панелей - Обычное окно. по умолчанию стоит - Вспомогательное. Почему вспомогательное окно должно быть всегда выше главного конечно загадка, но ладно, главное, что это можно выключить :)