Система->Параметры->Звук Вкладка "Звуки", снять галочку "Включить программное смешивание звука". Возможно skype с pulse audio не хочет работать. Воспроизведение звука работает? а "Звукозапись"? (Приложения->Аудио и видео) PS. не проверял, не доводилось skype пользовать.