Попробуйте запустить iotop (маленькая программа на python, нет в репозитории ubuntu) и посмотреть, происходит ли при этом активный ввод-вывод в каком-нибудь из процессов. Также есть интересная штука oprofile - system wide profiler. Покажет данные на уровне всех процессов, кто больше всех потребляет CPU.