Eliminar virus con Ubuntu

[David]

Hola listeros:
Tengo una web alojada en 1and1 y me la han infectado con un
troyano en multiples páginas HTML, me he bajado el contenido a un PC con XP SP3
pero el antivirus elimina todas las páginas infectadas, en casa he hecho lo
mismo en un PC con Linux / Ubuntu, ¿se me puede infectar el Ubuntu 12.04 con el
troyano?.
 
El clamscan de Ubuntu, me dice las páginas HTML infectadas,
pero no me quita el virus, ¿Cómo puedo desde Ubuntu eliminar la infección de
las páginas que me he bajado, mediante FTP, a mi PC con Ubuntu?
 
¿Cómo me han metido el troyano en la web?
 
Un saludo
            David
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