Extraer varias lineas de texto

[Raul Veleiro A (en Yahoo)]

--- Andrés Flórez <andrewflorez en gmail.com> escribió:

> Muchas gracias Raul,
> 
> lo intente pero el asunto es que me sale un error:
> 
> tr: si no se está truncando conjunto1, cadena2 debe
> ser no vacía
> 
> yo sinmebargo yo lo reemplacé por un caracter y
> funcion el comando tr
> 
> 
> 
> El día 26/10/07, Raul Veleiro A (en Yahoo)
> <raul_veleiro en yahoo.es> escribió:
> >
> >
> > --- Andrés Flórez <andrewflorez en gmail.com>
> escribió:
> >
> > > Hola a todos:
> > >
> > > Tengo una dificultad para manipular archivos de
> > > texto:
> > >
> > > Un archivo tiene varias lineas de la siguiente
> > > forma:
> > >
> > > linea indicadora:
> > >
> > > >Nombre de la secuencia
> > >
> > > siguiente linea:
> > >
> > > cadena de caracteres.
> > >
> > > AKGKA ......
> > >
> > > Ejemplo:
> > >
> > > >LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81,
> > > putative
> > >
> >
>
MHTAVLRQLSTPSTRPSGTANGGFGSSGVRDGSAPAPPSRGDGAATAPQQRSSHGVSSEL
> > > >LmjF26.0390|RNA editing 3' terminal uridylyl
> > > transferase 2,RET2, RNA
> > > editing complex MP57
> > >
> >
>
MHAPTPLYLYVAVTRGLCSSAVAASSSADAASSPSAASSSTSEGVSYASHLVASNDHYVQ
> > >
> > >
> > > Necesito redireccionar a un archivo de texto 
> por
> > > ejemplo la linea que dice
> > > >LmjF02.0410|RNA     HASTA   EL FINAL DE LA
> CADENA
> > > DE CARACTERES, MEJOR
> > > DICHO HASTA ANTES DONDE EMPIEZA LA SIGUIENTE
> LINEA
> > > CON EL SIGNO >
> > >
> > > En otras palabras necesito extraer un intervalo
> > > desde una linea > con un
> > > nombre hasta la proxima linea > con otro nombre
> > >
> > >
> > > Les agradezco mucho cualquier ayuda.
> > >
> > >
> > >
> > > --
> > > Andrés F. Flórez
> > >
> > > Associate Researcher
> > > PECET.
> > > Universidad de Antioquia.
> > > Medellín-Colombia.
> > > Carrera 53 # 61 - 30
> > > Phones: (574) 210 6507 / 02
> > > Fax: (574) 210 6511
> > > Cell phone: 3103462268
> > > > --
> > > ubuntu-es mailing list
> > > ubuntu-es en lists.ubuntu.com
> > >
> https://lists.ubuntu.com/mailman/listinfo/ubuntu-es
> >
> > Aquí esta Andrés, no hace falta el bucle for que
> te
> > mencione antes:
> >
> >
> > cat p.txt | tr '\n' ' ' | awk 'BEGIN { RS = ">" ;
> FS =
> > ">" } ; { print $1, $2 }'
> >
> > TRUCO: jugar con los RS (Record Separator) y FS
> (Field
> > Separator) del AWK.
> >
> > El AWK es un lenguaje de progrmacion muy potente
> > diseñado exclusimante para procesar ficheros de
> texto.
> >
> > Aqui esta el manual:
> > http://www.gnu.org/software/gawk/manual/gawk.html
> >
> >
> > Raul
> >
> > Solo hay 10 tipos de personas en el mundo;
> > Los que entienden binario y los que no:
> > Use Linux-Ubuntu !
> > _o)
> > /\\
> > \_V
> >
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>
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> > ubuntu-es en lists.ubuntu.com
> >
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> 
> 
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> Andrés F. Flórez
> 
> Associate Researcher
> PECET.
> Universidad de Antioquia.
> Medellín-Colombia.
> Carrera 53 # 61 - 30
> Phones: (574) 210 6507 / 02
> Fax: (574) 210 6511
> Cell phone: 3103462268
> 

El segundo caracter a sustituir es ' ' y no '', es
decir se sustituye ENTER por un espacio. Segun el
error que has enviado, estas sustituyendo "ENTER" (\n)
por "nada" y eso no le gusta al tr.

A mi si me funciona:

raul en Ubuntu32BIT:~$ cat p.txt
>LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81,putative
MHTAVLRQLSTPSTRPSGTANGGFGSSGVRDGSAPAPPSRGDGAATAPQQRSSHGVSSEL
>LmjF26.0390|RNA editing 3' terminal uridylyl
transferase 2,RET2, RNA editing complex MP57
MHAPTPLYLYVAVTRGLCSSAVAASSSADAASSPSAASSSTSEGVSYASHLVASNDHYVQ
raul en Ubuntu32BIT:~$ 
raul en Ubuntu32BIT:~$ cat p.txt | tr '\n' ' ' | awk
'BEGIN { RS = ">" ; FS = ">" } ; { print $1, $2 }'
 
LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81,putative
MHTAVLRQLSTPSTRPSGTANGGFGSSGVRDGSAPAPPSRGDGAATAPQQRSSHGVSSEL
 
LmjF26.0390|RNA editing 3' terminal uridylyl
transferase 2,RET2, RNA editing complex MP57
MHAPTPLYLYVAVTRGLCSSAVAASSSADAASSPSAASSSTSEGVSYASHLVASNDHYVQ
 
raul en Ubuntu32BIT:~$

Raul

Solo hay 10 tipos de personas en el mundo;
Los que entienden binario y los que no:
Use Linux-Ubuntu !
 _o)
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