Probablemente le convenga intentar con Unity 2D o utilizar un escritorio más liviano, como por ejemplo XFCE, que no será tan "lindo" a la vista, pero sí es bastante más rápido en equipos chicos. Mi breve experiencia con Unity3D incluso en mi equipo que es bastante potente y con una placa de video más que decente no fue buena y noté un rendimiento bastante pobre, aparentemente causado por compiz. Ahora en la misma máquina estoy con Debian con Gnome Shell (con mutter, no con compiz) y vuela, mientras que Unity se sentía pesadísimo. Creo que ver por ahí podría ayudarlo. Otra opción es apurar una actualización al beta de Ubuntu 12.04, que por lo que vi andaba bastante mejor.